Peneliti Cambridge telah menciptakan algoritma 'detektor logam' yang dapat memburu tumor yang rentan, dalam perkembangan yang suatu hari nanti dapat merevolusi pengobatan kanker.
Urutan genomik sekarang jauh lebih cepat dan lebih murah dari sebelumnya. Kami semakin dekat ke titik di mana diurutkan tumor Anda akan sama rutinnya dengan tes pemindaian atau darah Serena Nik-Zainal
Dalam sebuah makalah yang diterbitkan Today in Nature Genetics, para ilmuwan di University of Cambridge dan NIHR Cambridge Biomedical Research Center menganalisis urutan DNA penuh 4.775 tumor dari tujuh jenis kanker. Mereka menggunakan data itu dari Proyek 100.000 Genom Genomics Inggris untuk membuat algoritma yang mampu mengidentifikasi tumor dengan kesalahan dalam DNA mereka yang membuat mereka lebih mudah diobati.
Algoritma, yang disebut prrdetect, suatu hari nanti dapat membantu dokter mengerjakan pasien mana yang lebih mungkin memiliki perawatan yang berhasil. Itu bisa membuka jalan bagi rencana perawatan yang lebih personal yang meningkatkan peluang orang untuk bertahan hidup.
Penelitian ini didanai oleh Cancer Research UK dan National Institute for Health and Care Research (NIHR).
Profesor Serena Nik-Zainal dari Institut Kanker Awal di Universitas Cambridge, penulis utama penelitian ini, mengatakan: “Urutan genomik sekarang jauh lebih cepat dan lebih murah daripada sebelumnya. Kami semakin dekat ke titik di mana tumor Anda diurutkan akan sama rutinnya dengan pemindaian atau tes darah.
“Untuk menggunakan genomik paling efektif di klinik, kami membutuhkan alat yang memberi kami informasi yang bermakna tentang bagaimana tumor seseorang dapat merespons pengobatan. Ini sangat penting dalam kanker di mana kelangsungan hidup lebih buruk, seperti kanker paru -paru dan tumor otak.
“Kanker dengan perbaikan DNA yang salah lebih mungkin diobati dengan sukses. Prrdetect membantu kami mengidentifikasi kanker tersebut dengan lebih baik dan, karena kami mengurutkan semakin banyak kanker secara rutin di klinik, pada akhirnya dapat membantu dokter yang lebih menyesuaikan perawatan dengan pasien individu.”
Tim peneliti mencari pola dalam DNA yang dibuat oleh apa yang disebut mutasi 'indel', di mana huruf dimasukkan atau dihapus dari urutan DNA normal.
Mereka menemukan pola mutasi indel yang tidak biasa pada kanker yang memiliki mekanisme perbaikan DNA yang salah – yang dikenal sebagai 'disfungsi perbaikan pasca -replikasi' atau PRRD. Menggunakan informasi ini, para ilmuwan mengembangkan presetect untuk memungkinkan mereka mengidentifikasi tumor dengan kesalahan ini dari urutan DNA penuh.
Tumor PRRD lebih sensitif terhadap imunoterapi, jenis pengobatan kanker yang menggunakan sistem kekebalan tubuh sendiri untuk menyerang sel kanker. Para ilmuwan berharap bahwa algoritma PRRD dapat bertindak seperti 'detektor logam' untuk memungkinkan mereka mengidentifikasi pasien yang lebih cenderung memiliki pengobatan yang berhasil dengan imunoterapi.
Studi ini mengikuti dari 'penggalian arkeologis' sebelumnya dari genom kanker yang dilakukan oleh Profesor Nik-Zainal, yang meneliti genom puluhan ribu orang dan mengungkapkan pola mutasi yang sebelumnya tidak terlihat yang terkait dengan kanker.
Kali ini, Profesor Nik-Zainal dan timnya melihat kanker yang memiliki proporsi tumor yang lebih tinggi dengan PRRD. Ini termasuk usus, otak, endometrium, kulit, paru -paru, kandung kemih dan kanker lambung. Urutan genom seluruh kanker ini disediakan oleh Proyek 100.000 Genom – Sebuah studi perintis yang dipimpin oleh Genomics England dan NHS England yang mengurutkan 100.000 genom dari sekitar 85.000 pasien NHS yang terkena penyakit langka atau kanker.
Studi ini mengidentifikasi 37 pola mutasi indel yang berbeda di tujuh jenis kanker yang termasuk dalam penelitian ini. Sepuluh dari pola ini sudah dikaitkan dengan penyebab kanker yang diketahui, seperti merokok dan paparan sinar UV. Delapan dari pola ini terkait dengan PRRD. 19 pola yang tersisa adalah baru dan dapat dikaitkan dengan penyebab kanker yang belum sepenuhnya dipahami atau mekanisme dalam sel yang bisa salah ketika sel menjadi kanker.
Direktur Eksekutif Penelitian dan Inovasi di Cancer Research UK, Dr Iain Foulkes, mengatakan: “Kedokteran genom akan merevolusi bagaimana kita mendekati pengobatan kanker. Kita sekarang bisa mendapatkan pembacaan penuh DNA tumor jauh lebih mudah, dan dengan itu muncul banyak informasi tentang bagaimana kanker seseorang dapat dimulai, tumbuh dan menyebar.
“Alat -alat seperti prrdetect akan membuat perawatan yang dipersonalisasi untuk kanker menjadi kenyataan bagi lebih banyak pasien di masa depan. Personalisasi perawatan jauh lebih mungkin untuk berhasil, memastikan lebih banyak orang dapat hidup lebih lama, hidup lebih baik bebas dari ketakutan kanker.”
Direktur ilmiah NIHR, Mike Lewis, mengatakan: “Kanker adalah penyebab utama kematian di Inggris sehingga mengesankan untuk melihat penelitian kami mengarah pada penciptaan alat untuk menentukan terapi mana yang akan mengarah pada kemungkinan yang lebih tinggi dari pengobatan kanker yang sukses.”
Chief Scientific Officer di Genomics England, Profesor Matt Brown, mengatakan: “Genomik memainkan peran yang semakin penting dalam perawatan kesehatan dan temuan ini menunjukkan bagaimana data genomik dapat digunakan untuk mendorong perawatan prediktif, pencegahan yang mengarah ke hasil yang lebih baik untuk pasien dengan kanker.
“Penciptaan algoritma ini menampilkan nilai besar dari seluruh genom sekuensing tidak hanya dalam penelitian tetapi juga di klinik di berbagai jenis kanker dalam memajukan perawatan kanker.”
Referensi
KOH, GCC et al. Taksonomi Indel yang didefinisikan ulang mengungkapkan wawasan tentang tanda tangan mutasi. Nat gen; 10 Apr 2025; Doi:
Diadaptasi dari siaran pers dari Cancer Research UK
