Regulasi gen mendukung hampir setiap proses biologis dari pengembangan sel terhadap respons terhadap perubahan lingkungan, dan pemahamannya dapat memberikan wawasan tentang kanker dan penyakit lainnya. Sekarang, para peneliti FMI telah membuat kemajuan yang signifikan dalam mengungkap bagaimana faktor-faktor transkripsi-protein yang mengontrol ekspresi gen dalam ragi fisi, organisme model utama untuk mempelajari regulasi gen.
Salah satu pemain utama dalam regulasi gen adalah faktor transkripsi-protein yang mengendalikan ekspresi gen dengan mengikat ke daerah spesifik DNA. Protein ini bertindak sebagai sakelar, mengatur tingkat ekspresi gen sebagai respons terhadap berbagai sinyal.
Para ilmuwan telah belajar banyak tentang bagaimana gen dikendalikan dengan mempelajari organisme sederhana seperti ragi fisi (Schizosaccharomyces pombe). Namun, sebagian besar faktor transkripsi belum sepenuhnya dipelajari, dan masih banyak yang harus dipelajari tentang bagaimana protein ini bekerja dengan DNA dan protein lain untuk mengatur aktivitas gen. Untuk mengeksplorasi bagaimana faktor transkripsi mengontrol ekspresi gen, para peneliti yang dipimpin oleh Merle Skribbe-A kandidat PhD di laboratorium Bühler-menggunakan pengeditan genom untuk menciptakan 89 strain ragi fisi yang berbeda. Dalam setiap strain, mereka menandai faktor transkripsi spesifik dengan penanda yang membuatnya lebih mudah untuk mempelajari protein -protein ini secara individual dan memetakan interaksinya dengan protein dan DNA lain. Para peneliti mengidentifikasi bagian-bagian daerah “panas” dari DNA yang terikat oleh banyak faktor transkripsi yang berbeda-dan menemukan interaksi baru. Ini termasuk interaksi dengan protein pengatur tertentu, menunjukkan mungkin ada metode bersama di seluruh organisme untuk mengendalikan aktivitas faktor transkripsi. Temuan ini memajukan pemahaman kita tentang bagaimana gen diatur dalam ragi fisi tetapi juga dapat mengungkapkan wawasan tentang regulasi gen pada organisme lain, kata Skribbe. Temuan utama adalah penemuan sepasang faktor transkripsi yang dijuluki oleh para peneliti 'Kompleks Nattou. Kompleks ini tampaknya mengatur ekspresi gen dan mempengaruhi penentuan posisi gen tertentu dalam nukleus – temuan yang dapat memberikan pemahaman yang lebih baik tentang mekanisme pembungkaman gen, yang sangat penting untuk mengatur perkembangan, respons imun dan proses biologis penting lainnya. Karya ini juga mengarah pada penciptaan FMI TFExplorer, alat online gratis yang memungkinkan para ilmuwan mengeksplorasi interaksi faktor transkripsi dengan cara yang mudah dan interaktif–tidak diperlukan keterampilan komputer canggih. Bühler menekankan pentingnya kerja tim antara grup dan platform teknologinya di FMI. Para peneliti dari genomik fungsional dan platform analisis proteomik dan protein membantu mengumpulkan data, dan Skribbe bekerja dengan Charlotte Soneson dan Michael Stadler dari platform biologi komputasi untuk menganalisisnya. Bühler juga memuji kepemimpinan Skribbe, mencatat kemerdekaan dan kepemimpinannya yang luar biasa. “Untuk ini, saya menawarkan kepenulisannya yang berkoresponden di atas kertas-perbedaan yang langka pada tahap karirnya,” katanya. Studi ini merupakan langkah maju yang signifikan dalam memahami peran faktor transkripsi, tambah Bühler, dengan data akses terbuka yang menawarkan sumber daya yang kuat bagi para ilmuwan yang mengeksplorasi kompleksitas regulasi gen. FMI TFExplorer adalah alat online gratis yang memungkinkan para ilmuwan mengeksplorasi interaksi faktor transkripsi dengan cara yang mudah dan interaktif.
Publikasi Asli:
Merle Skribbe*^, Charlotte Soneson*, Michael B. Stadler*, Michaela Schwaiger, Wisnu N. Suma Sreechakram, Vytautas Iesmantavicius, Daniel Hess, Eliza Pandini Figueiredo Moreno, Sigurd Braun, Jan SeeBacher, Kompotify, Sigurd Braun, Jan Seebacher, Komplevore, Jan Seebacher, SIGURD, Jan Seebacher, Komplevore, Jan Seebacher, Sigurd, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Sigurd, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Jan Seebacher, Janeebor, Schizosaccharomyces pombe Atlas interaksi faktor transkripsi fisik dengan protein dan kromatin Sel molekul (2025) memajukan publikasi online
* Penulis pertama
^ Penulis CO-Corressespespes
Tentang Penulis Pertama FMI
Merle Skribbe lahir dan besar di Cologne, Jerman, dan mengejar sarjana dan studi master dalam biokimia di Universitas Heidelberg. Pada tahun 2019, Merle bergabung dengan kelompok Bühler, di mana ia mengembangkan sumber daya untuk mempelajari interaksi faktor transkripsi dengan protein dan kromatin dalam ragi fisi. Di luar lab, Merle bermain sepak bola dan menikmati menonton sepak bola Amerika. Dia juga terlibat dalam pekerjaan sosial dan menjadi sukarelawan, termasuk membimbing seorang pengungsi muda Afghanistan melalui Palang Merah untuk mendukung pendidikannya, dan dia adalah anggota kelompok keberlanjutan FMI. Berasal dari Osby, Swedia, Charlotte Soneson memperoleh gelar master dalam bidang fisika teknik dan PhD dalam matematika dari Lund University. Setelah bertugas sebagai postdoc di University of Zurich, ia bergabung dengan platform biologi komputasi FMI pada tahun 2018. Di waktu luangnya, ia menikmati berlari, menonton film -film lama, merajut dan memainkan musik pop di piano. Bahasa pengkodean favoritnya adalah R. Pada tahun 2024, Charlotte dianugerahi Ruth Chiquet Prize, penghargaan FMI internal untuk metode atau alat baru yang paling inovatif. Seorang penduduk asli Swiss, Michael Stadler memegang gelar master dalam imunologi dan bioinformatika dari universitas Bern dan Lausanne. Ia memperoleh gelar PhD di Rumah Sakit Insel di Bern, yang berspesialisasi dalam imunologi komputasi, sebelum mengejar penelitian postdoctoral di MIT di Boston, AS, di mana ia menjelajahi splicing alternatif. Pada tahun 2006, ia bergabung dengan FMI untuk membangun platform biologi komputasi. Di luar pekerjaan, Michael menikmati hiking, olahraga salju, dan membenamkan dirinya dalam novel fiksi ilmiah dan musik tahun 60 -an dan 70 -an.
